Η Μονάδα Μεταφοράς Τεχνολογίας και Καινοτομίας διαρθρώνεται από δύο δομές:

• Γραφείο Μεταφοράς Τεχνολογίας και Καινοτομίας.
• Κέντρο Επιχειρηματικότητας – Θερμοκοιτίδα.

Αντικείμενο της Μονάδας Μεταφοράς Τεχνολογίας και Καινοτομίας είναι η ενίσχυση της ερευνητικής ικανότητας του Π.Θ., η διασύνδεσή του με τη βιομηχανία, η μεταφορά της γνώσης που παράγεται προς την κοινωνία και η καλλιέργεια της ιδέας της επιχειρηματικότητας εντός της ακαδημαϊκής κοινότητας.

Η Μονάδα Μεταφοράς Τεχνολογίας και Καινοτομίας δύναται μέσω του Ε.Λ.Κ.Ε. του Π.Θ. να παρέχει επ’ αμοιβή υπηρεσίες που σχετίζονται με την αποστολή και τον σκοπό της προς φορείς του ιδιωτικού τομέα, καθώς και να συνάπτει προγραμματικές συμβάσεις με φορείς του δημόσιου τομέα, όπως ορίζεται στην κείμενη νομοθεσία, με αντίστοιχο αντικείμενο.

 Η Μονάδα Μεταφοράς Τεχνολογίας και Καινοτομίας δύναται να προσελκύει πάσης φύσεως χρηματοδοτήσεις, οι οποίες προέρχονται από ιδιωτικούς ή διεθνείς πόρους, καθώς και συγχρηματοδοτούμενα προγράμματα. Η οικονομική διαχείριση των πόρων πραγματοποιείται αποκλειστικά μέσω διακριτών έργων του Ε.Λ.Κ.Ε. του Π.Θ.

Οι γενικές αρμοδιότητες της Μονάδας είναι ιδίως οι εξής:

• Η διοικητική και γραμματειακή υποστήριξη της «Επιτροπής Μεταφοράς Τεχνολογίας, Καινοτομίας και Νεοφυούς Επιχειρηματικότητας».
• Η εκπαίδευση των φοιτητών και των μελών της πανεπιστημιακής κοινότητας σε θέματα μεταφοράς τεχνολογίας, επιχειρηματικότητας και ανάπτυξης των ερευνητικών αποτελεσμάτων με σκοπό την εμπορική τους αξιοποίηση.
• Η υποστήριξη των μελών της πανεπιστημιακής κοινότητας στη συγγραφή ερευνητικών προτάσεων για τη διεκδίκηση ερευνητικών και αναπτυξιακών έργων/ προγραμμάτων.
• Η αναζήτηση χρηματοδοτήσεων από φορείς του ιδιωτικού και δημόσιου τομέα για τη διεξαγωγή έρευνας.
• Η παροχή εξειδικευμένων συμβουλευτικών υπηρεσιών προς το προσωπικό και τους φοιτητές του Π.Θ., καθώς και προς επιχειρήσεις και λοιπούς οργανισμούς του ιδιωτικού ή δημόσιου τομέα σε θέματα που άπτονται των αρμοδιοτήτων της Μονάδας.
• Η υποστήριξη των ενδιαφερόμενων υποψήφιων διδακτόρων για την εύρεση επιχειρήσεων προς τον σκοπό εκπόνησης βιομηχανικού διδακτορικού.
• Η ανάπτυξη μηχανισμών και δράσεων καλλιέργειας επιχειρηματικών ιδεών και η ανάπτυξη accelerator επιχειρηματικών ιδεών.
• Η ενίσχυση της εξωστρέφειας και η διάχυση της επιστημονικής γνώσης, της τεχνογνωσίας, της τεχνολογίας, της καινοτομίας και των καλών πρακτικών που παράγονται εντός των Πανεπιστημίων προς τους φορείς της οικονομίας και της κοινωνίας μέσω της τροφοδότησης επιχειρήσεων που εδρεύουν στην ελληνική επικράτεια.
• Η υποστήριξη της ίδρυσης, λειτουργίας και ανάπτυξης τεχνολογικών πάρκων.
• Η προσέλκυση και υποστήριξη προγραμμάτων βιομηχανικής έρευνας από Πανεπιστημιακά Εργαστήρια και Ερευνητικά Ινστιτούτα για την εκπόνηση ερευνητικών έργων με σκοπό την αξιοποίηση των αποτελεσμάτων τους στην παραγωγή της επιχείρησης-φορέα χρηματοδότησης.
• Η συλλογή και τήρηση στοιχείων που σχετίζονται με τις αρμοδιότητές της και αφορούν στην υποβολή των ετήσιων εκθέσεων επίδοσης του Π.Θ., τις προγραμματικές συμφωνίες, οι οποίες προβλέπονται από την ισχύουσα νομοθεσία, το στρατηγικό σχέδιο και το ετήσιο σχέδιο δράσης, καθώς και τη στοχοθεσία του Π.Θ.
• Η συνεργασία με άλλα Α.Ε.Ι. και ερευνητικά κέντρα, που προβλέπονται από την ισχύουσα νομοθεσία, ή άλλους ερευνητικούς οργανισμούς, διεθνείς και ευρωπαϊκούς φορείς, οικονομικά και εμπορικά επιμελητήρια, φορείς της τοπικής αυτοδιοίκησης και λοιπούς οργανισμούς και επιχειρήσεις του δημόσιου ή ιδιωτικού τομέα για την καλλιέργεια και προώθηση δράσεων μεταφοράς τεχνολογίας, καινοτομίας και νεοφυούς επιχειρηματικότητας, καθώς και η ανάπτυξη συμπράξεων ή συνεργατικών σχημάτων για την εκπόνηση κοινών δράσεων που εξυπηρετούν την αποστολή της Μονάδας.
• Υποστήριξη της υλοποίησης Μνημονίων Συνεργασίας (MoU) με ιδιωτικούς και δημόσιους) με ιδιωτικούς και δημόσιους φορείς και οργανισμούς για την επίτευξη των σκοπών της Μονάδας.
• Η δημιουργία θερμοκοιτίδας υποστήριξης επιχειρήσεων από μέλη της ακαδημαϊκής κοινότητας του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας. 
• Η παροχή υποστήριξης για το σχεδιασμό, ανάπτυξη και λειτουργία Spin Off εταιριών από μέλη της ακαδημαϊκής κοινότητας του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας.

2. Οι αρμοδιότητες του Γραφείου Μεταφοράς Τεχνολογίας και Καινοτομίας είναι ιδίως οι εξής:

• Η ευαισθητοποίηση και εκπαίδευση του ακαδημαϊκού/ερευνητικού προσωπικού σε θέματα όπως κατοχύρωση πνευματικής ιδιοκτησίας, τρόποι εμπορευματοποίησης νέας τεχνολογίας, διαδικασία επιχειρηματικής ανάπτυξης και επιτάχυνσης, ανάλυση και έρευνα αγοράς, χρηματοοικονομικός σχεδιασμός και χρηματοδότηση.
• Η υποστήριξη στη δημιουργία και επιχειρηματική ανάπτυξη Εταιρειών- Τεχνοβλαστών (Spin Offs) που ιδρύονται από μέλη ακαδημαϊκού ή ερευνητικού προσωπικού του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας και συνεργαζόμενων ερευνητικών φορέων για την αξιοποίηση ερευνητικών αποτελεσμάτων, σύμφωνα με την ισχύουσα νομοθεσία.
• Η υποστήριξη των ερευνητικών ομάδων του Ιδρύματος σε θέματα προστασίας της διανοητικής ιδιοκτησίας επί καινοτόμων προϊόντων, υπηρεσιών, πρακτικών και ιδεών που παράγονται εντός του Ιδρύματος και κατοχύρωσης αυτής σε εθνικό, ευρωπαϊκό και διεθνές επίπεδο.
• Η διαχείριση χαρτοφυλακίου δικαιωμάτων διανοητικής ιδιοκτησίας του Ιδρύματος, όπως διπλώματα ευρεσιτεχνίας, τεχνογνωσία, βιομηχανικά σχέδια, λογισμικά και εμπορικά μυστικά, με σκοπό την εμπορική τους αξιοποίηση από το Ίδρυμα ή από μέλη της πανεπιστημιακής κοινότητας ή από τρίτους φορείς κατόπιν παραχώρησης ή μεταβίβασης των δικαιωμάτων.
• Η αξιολόγηση του εμπορικού ενδιαφέροντος για την αξιοποίηση της γνώσης, των τεχνολογιών και των ερευνητικών αποτελεσμάτων που παράγονται εντός του Ιδρύματος, και η υποβολή εισηγήσεων για τη χρηματοδότηση μέσω ίδιων πόρων της εμπορικής αξιοποίησης αυτών στη βιομηχανία.

3. Οι αρμοδιότητες του Κέντρου Επιχειρηματικότητας – Θερμοκοιτίδα είναι ιδίως οι εξής:

• Η υποστήριξη της διαδικασίας δημιουργίας επιχειρηματικών ομάδων και της ίδρυσης και ανάπτυξης νεοφυών επιχειρήσεων που αξιοποιούν αναδυόμενες επιχειρηματικές ευκαιρίες και ιδρύονται εν γένει από φοιτητές, νέους ερευνητές ή από αποφοίτους τόσο του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας όσο και του ευρύτερου οικοσυστήματος καινοτομίας, καθώς και η υποστήριξη της διαδικασίας ένταξής τους στο Εθνικό Μητρώο Νεοφυών Επιχειρήσεων της ομώνυμης Ανώνυμης Εταιρείας (Α.Ε.), που προβλέπεται από την ισχύουσα νομοθεσία.
• Η υποστήριξη της επιχειρηματικής ωρίμανσης μέσω συστηματικής καθοδήγησης και συμβουλευτικής (mentoring/coaching) σε θέματα που σχετίζονται με τον σχεδιασμό του επιχειρηματικού μοντέλου, τις στρατηγικές μάρκετινγκ και διείσδυσης στην αγορά, τον χρηματοοικονομικό σχεδιασμό και τη χρηματοδότηση, την επιχειρηματική ανάπτυξη, βιωσιμότητα και επέκταση κ.λπ.
• Η κινητοποίηση των νέων και η ανάπτυξη δεξιοτήτων στην επιχειρηματικότητα (entrepreneurial competences) μέσω διαγωνισμών, εξειδικευμένων σεμιναρίων, θερινών σχολείων επιχειρηματικότητας κ.λπ.
• Η υποστήριξη επικοινωνίας και συνεργασίας μεταξύ ατόμων με επιχειρηματικό πνεύμα και ατόμων με υψηλές δεξιότητες και γνώσεις σε ερευνητικούς και τεχνολογικούς τομείς.
• Η υποστήριξη διδασκόντων, ερευνητικού προσωπικού, στελεχών γραφείων μεταφοράς τεχνολογίας ή προσωπικού θερμοκοιτίδων σε σχέση με βέλτιστες πρακτικές προώθησης της καινοτομίας και επιχειρηματικότητας (Train the Trainers).
• H διασύνδεση των υποστηριζόμενων επιχειρηματικών σχημάτων με τις εδραιωμένες επιχειρήσεις μέσω δράσεων ανοικτής καινοτομίας (open innovation).
• H δικτύωση με το οικοσύστημα επιχειρηματικότητας/καινοτομίας για συμπληρωματικότητα, βιωσιμότητα και πολλαπλασιασμό των αποτελεσμάτων. H δικτύωση σε διεθνές επίπεδο με στόχο τόσο τη διεθνή επέκταση των υποστηριζόμενων επιχειρηματικών σχημάτων (virtual co-incubation), όσο και την προσέλκυση της επιχειρηματικής κοινότητας του εξωτερικού και τη δημιουργία επιχειρηματικών σχημάτων με διεθνή προσανατολισμό.